הזמן האופטימלי לשימוש בפפטידים לטיפוח העור הוא פעמיים ביום, בוקר וערב, כאשר שימוש בלילה מועיל יותר לתיקון העור.
מנקודת מבט של יעילות טיפוח העור, שימוש בבוקר בפפטידים לטיפוח העור מספק תמיכה נוגדת חמצון ולחות, ועוזר להתנגד לנזקי הסביבה בשעות היום (כגון קרני UV וזיהום), תוך יצירת בסיס חלק להנחת האיפור לאחר מכן. שימוש בערב, לעומת זאת, מנצל את תקופת הזהב של העור של תיקון עצמי-לילי, משפר את ייצור הקולגן ותיקון המחסומים, ומתאים במיוחד להשפעות סינרגיות עם מרכיבים מתקינים אחרים (כגון סרמידים ו-B5).
המלצות ספציפיות הן כדלקמן:
עור יבש/רגיש או כאלה עם צלקות אקנה: התחל עם פעם אחת בכל לילה, בניית סובלנות בהדרגה. אם אין אי נוחות, השתמש גם בבוקר וגם בערב.
עור שמן/מעורב: ניתן להשתמש בו גם בבוקר וגם בערב, אך הימנעו מרבדים מוגזמים כדי למנוע עומס יתר על העור.
מוצרים פעילים-בריכוז גבוה או מורכבים: מומלץ לבצע תחילה בדיקת מדבקות כדי למנוע גירוי.
בנוסף, פפטידים מעכבי נוירוטרנסמיטר-כגון הקספפטידים מתאימים יותר להכללה בשגרת הבוקר כדי להרגיע בעדינות את שרירי הפנים ולמנוע העמקת קמטים דינמיים; בעוד שאוליגופפטידים מסוג-תיקון מועדפים לשימוש בטיפול בערב כדי למקסם את פוטנציאל ההתחדשות שלהם.